เนื่องจากลักษณะทางธรรมชาติเป็นภูเขาสูงชันเข้าถึงได้ยาก อุทยานจึงยังคงเป็นที่อยู่อาศัยของฝูงเลียงผา ซึ่งมีลักษณะเหมือนละมั่ง มีสีดำและหาได้ยากในประเทศไทยในปัจจุบัน อุทยานยังเป็นแหล่งที่อยู่ของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมกลุ่มใหญ่สามชนิด ได้แก่ ค่างแว่นถิ่นใต้ ลิงแสมหรือลิงหางยาวกินปู และนางอาย นอกจากนั้นอุทยานยังมีสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมชนิดอื่นๆ อาศัยอยู่อีกหลายชนิด เช่น เก้งหม้อ ตัวนิ่มพันธุ์มลายู เสือปลา อีเห็นข้างลาย เม่นใหญ่แผงคอยาว พังพอนชวา กระต่ายป่า และกระรอกท้องเทา

ที่น่าสนใจเป็นพิเศษคือ ลิงแสมกินปู ซึ่งปกติแล้วจะกินผลไม้และพืชชนิดต่างๆ เสริมด้วยแมลงและหนอน แต่เนื่องจากพืชและผลไม้ที่เป็นอาหารของลิงแสมมีอยู่ในอุทยานเป็นจำนวนน้อย ลิงแสมเหล่านี้จึงปรับตัวและพัฒนาความสามารถเพื่อจับปูจากทะเลเป็นอาหาร!

อุทยานมีทางไต่เขาอย่างไปมาสลับกันทั้งที่ลาดและสูงชัน

ป่าชายหาดและป่าชายเลน (ป่าโกงกาง) เป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์ป่ามากมาย ในป่าชายเลน คุณจะได้พบปลาตีน ปู ตะกวด/ตุ๊ดตู่ นกกระเต็น นกกระสา นกกระยาง และนกชนิดอื่นๆ อีกมากมาย ส่วนในป่าชายหาด คุณจะได้เห็นลิงแสมและค่างแว่นถิ่นใต้ กระรอก และนกสีสันสวยงามหลากหลายชนิด

เขากระโจมจะนำคุณไปสู่ยอดเขาที่สูงที่สุด ซึ่งอยู่ใกล้กับกลางอุทยาน

คุณสามารถเดินทางไปถ้ำพระยานครได้โดยทางเท้า จากหาดแหลมศาลาภายในตัวอุทยาน หนทางไปยังถ้ำเป็นไหล่เขาและค่อนข้างสูงชัน (ระยะทางประมาณ 430 เมตร) คุณจะได้เห็นวิวทะเลในขณะที่เดินทางซึ่งใช้เวลาประมาณ 30 นาที และจริงๆ แล้วถ้ำพระยานครนั้นเป็นบ่อน้ำสองบ่อที่มีส่วนบนเหมือนเป็นหลังคาปกคลุม และทำให้แสงสามารถลอดเข้ามาได้ ในส่วนกลางของถ้ำจะมีศาลาไทย ที่ถูกสร้างขึ้นเป็นพระที่นั่งสำหรับรัชกาลที่ห้าเมื่อเสด็จประพาสมาในปี 2439 ชื่อถ้ำ “พระยานคร” นั้นถูกตั้งตามชื่อเจ้าเมืองนครศรีธรรมราช ซึ่งเป็นผู้ค้นพบถ้ำโดยบังเอิญเมื่อ 200 กว่าปีที่ผ่านมาในขณะที่นำเรือเข้าฝั่งเพื่อหนีพายุ

เขาสามร้อยยอดเป็นสถานที่ที่เยี่ยมที่สุดสถานที่หนึ่งในประเทศสำหรับการดู นก เนื่องจากมีนกมากกว่า 300 ชนิดที่พบว่าอาศัยอยู่ในอุทยาน ประกอบด้วยนกที่อาศัยประจำถิ่น และโดยเฉพาะอย่างยิ่งนกที่ย้ายถิ่นจากที่อื่นมาที่ฝั่งตามฤดูกาลและนกน้ำ นกหายากที่มีในอุทยาน เช่น นกกระสาแดง (มีอาศัยและสืบพันธุ์เพียงสองแห่งในประเทศไทยเท่านั้น) นกออก นกอินทรีปีกลาย และนกอินทรีหัวไหล่ขาว

ความหลากหลายของนกสายพันธุ์ต่างๆ เมื่อเทียบกับขนาดพื้นที่ของอุทยานนั้นถือว่ามีจำนวนมากเป็นพิเศษ และเนื่องจากอุทยานตั้งอยู่บนเส้นทางอพยพสายเอเชียตะวันออก/ออสเตรเลีย นกสายพันธุ์ต่างๆ ประมาณครึ่งหนึ่งที่พบในอุทยานจะเป็นนกที่อพยพมา

การเิดินทางที่เป็นที่นิยมอีกอย่างหนึ่งคือ การล่องเรือในคลองเขาแดงจากใกล้ๆ สำนักงานอุทยานบนเรือที่สามารถจุผู้โดยสารได้ 10 คนเป็นเวลา 1-2 ชั่วโมง โดยจะผ่านป่าชายเลนและที่อยู่อาศัยของกลุ่มสัตว์น้ำ ซึ่งคุณจะได้เห็นนกและพืชหลากหลายชนิดอยู่ริมคลอง รวมไปถึงปลาตีนและตะกวด/ตุ๊ดตู่ ทัศนียภาพจะยิ่งสวยงามมากเมื่อเดินทางตอนเช้าตรู่หรือก่อนพลบค่ำ